Biologické hodnocení je upraveno § 67 zákona č. 114/1992 Sb. o ochraně přírody a krajiny v aktuálním znění, postup jeho zpracování a obsah pak podle § 18 vyhlášky č. 395/1992 Sb.  Seznam autorizovaných osob je dostupný na webu http://www.mzp.cz/cz/autorizovane_osoby_biologicke_hodnoceni

Zákon stanoví biologické hodnocení jako povinnost investorů v případě, že o jeho nezbytnosti rozhodne orgán ochrany přírody (OOP) příslušný k povolení zamýšleného zásahu. Hodnocení lze uložit pouze v případě, že se jedná o zásahy závažné, u kterých by mohlo dojít k dotčení zájmů chráněných zákonem, resp. jeho částí. OOP využívá biologické hodnocení jako podklad k rozhodnutí ve věci. Biologické hodnocení proto musí dát tomuto orgánu jednoznačnou odpověď, zda zamýšlený zásah bude mít vliv na rostliny a živočichy a jak tento vliv bude významný.

Biologické hodnocení se neuloží, pokud existuje jiné ekologické hodnocení podle právních předpisů na ochranu životního prostředí. Toto platí ovšem pouze v případě, že jiné hodnocení splňuje požadavky hodnocení biologického dle § 67 zákona a § 18 vyhlášky.

Obsahem biologického hodnocení je provedení přírodovědného průzkumu dotčených pozemků a následně pak písemné vyhodnocení vlivu zamýšleného zásahu na rostliny a živočichy. Účelem přírodovědného průzkumu není získávat detailní informace o všech druzích, jejichž výskyt na lokalitě je prokázaný nebo pravděpodobně možný, ale vyhodnocení potenciálu lokality jako takové. Naprosto zásadní ve výsledném dokumentu je vyhodnocení vlivu zamýšleného zásahu, který musí být jasně pojmenován – specifikován.

Biologické hodnocení se provádí vždy před uskutečněním zamýšleného záměru, nikdy ne po jeho realizaci.

Biologické hodnocení mohou provádět pouze fyzické osoby, které jsou držiteli zvláštní autorizace, jak vyplývá z § 45i odst. 3 zákona. Bližší náležitosti autorizace upravuje prováděcí vyhláška č. 468/2004 Sb., o autorizovaných osobách podle zákona o ochraně přírody a krajiny, ve znění pozdějších předpisů.

Za hodnocenou za lokalitu považováno území, které je v přímém územním střetu se záměrem nebo v jeho bezprostřední blízkosti nebo území ovlivněné v souvislosti se vstupy nebo výstupy v průběhu celého záměru. Nejedná se tedy pouze o přímo dotčenou plochu, ale i logicky navazující spojité území, na které jsou předmětné druhy vázány. Z hlediska kvantity se dále posuzuje dotčení druhu v rámci území regionu, resp. celé ČR. Výskyt rostlin a živočichů je rovněž třeba řešit ve vazbě na další zájmy chráněné dle zákona (zvláště chráněné území, územní systém ekologické stability, významný krajinný prvek). Pokud je záměr situován v maloplošných zvláště chráněných území (národní přírodní rezervace, přírodní rezervace, národní přírodní památky, přírodní památky) nebo v jejich ochranných pásmech, hodnotí se i dotčení předmětu ochrany těchto chráněných území.